Los principales costes directos del absentismo son los salarios de los trabajadores ausentes, algunos referentes a sustitución (retribuciones de los sustitutos) y los relativos a las horas extras. En general, estos costes pueden calcularse con una cierta precisión.

En España los costes por incapacidad laboral están asegurados a través del sistema de la Seguridad Social, por lo que la empresa no debe asumir parte de ellos.

Los costes directos para la empresa son:

Salarios: En el caso de incapacidad temporal por accidentes de trabajo o enfermedad profesional, el salario del trabajador el día de la baja médica y el día de la baja, en caso de recaída.

Prestación por incapacidad temporal (IT): En el caso de las contingencias comunes (accidente no laboral y enfermedad común), la prestación de IT del 4º al 15º día de la baja médica (ambos inclusive).

Cotizaciones sociales: Durante las situaciones de IT, sea derivada de contingencias comunes o profesionales, subsidio de riesgo durante el embarazo, subsidio de riesgo durante la lactancia natural, maternidad o paternidad, se mantiene la obligación de la empresa, salvo extinción del contrato, de cotizar (hastas los 545 días como máximo).

Complemento voluntario: La empresa puede tener también otro coste directo si, a través de la mejora voluntaria de la acción protectora, el convenio colectivo ha establecido complemento voluntario de la IT, de la maternidad, paternidad, subsidio de riesgo durante el embarazo y subsidio de riesgo durante la lactancia natural. Este complemento puede ser con referencia a la base de cotización o al salario del trabajador/a.